30 agosto, 2009

Microscopio USB


La empresa japonesa e-Supply lanzó su nuevo Microscopio USB digital, que tiene un sensor de 2 megapixeles y un zoom que va desde 5 a 150X.

Vía Akihabara News.

27 agosto, 2009

La tomenta perfecta

Estamos viviendo una explosión demográfica incontrolable, la cual está provocando que las reservas de alimentos sean menores cada año -aunque para mí, el problema radica en las deficiencias en el sistema de distribución, la gente o bien tiene mucho o bien no tiene nada, no hay un equilibrio-, el derretimiento de los glaciares se hace cada vez más rápido y el aumento de los precios de los combustibles está llevando a los países a buscar otras fuentes de energía que no son tan sustentables como aparentan. Estos factores se están desarrollando de tal manera que están formando una "tormenta perfecta" hacia el año 2030.

Tal como es esa película de George Clooney, donde unos pescadores salen a altamar sin saber que justo en ese momento dos huracanes (o tres?) van en la misma dirección, y que precisamente, chocan en tal ángulo que se fusionan y crean una tormenta perfecta..., un  huracán de magnitudes inimaginables, lo mismo viene ocurriendo con nuestro planeta. Precisamente ahora que estamos viviendo una escacez de combustibles, más empresas y corporaciones la están necesitando para desarrollar sus proyectos; a medida que aumenta la población, los reservorios de agua dulce se están agotando, evaporando o derritiendo y los alimentos se están encareciendo o están escaceando. Todo esto también esta creando el ambiente propicio para un desequilibrio total en nuestro planeta, osea, una "tormenta perfeca".

Aquí les presento un gráfico que resumirá todo lo que les estoy diciendo, como dice el refrán: una imagen vale que mil cuatroscientas veintisiete palabras.

Click para agrandar la imagen.

Vía US Infrastructure.

COINEMA 2009

Nos llegó un mensaje a nuestro correo acerca del Congreso Internacional de Ecología y Medio Ambiente que se llevará a cabo en la ciudad de la eterna primavera, Trujillo, del 24 al 29 de Noviembre del presente año.


Entre la temática que se tocará tenemos Biodiversidad y Áreas Naturales Protegidas, Ecología Acuática y Terrestre, Biorremediación Industrial, Minera y Petrolera; así como interesantes tópicos de Educación Ambiental. Así mismo se dictarán Conferencias Magistrales relacionados con Cambios Climáticos, Nuevas Tecnologías Limpias, Derecho Ambiental y Ecológico, Gestión Integrada de Recursos Hídricos, y Agroecología y Desarrollo Rural.

La invitación ya está hecha para todos los interesados a participar de este evento visiten la siguiente dirección: http://www.congresocoinema.com.

Haciendo bebés sin gravedad

Para sostener vida más allá de la tierra, en estaciones espaciales que viajan y orbitan planetas lejanos, es importante conocer como afecta la gravedad cero a la reproducción y desarrollo embirionario, ya que debido a la duración de cada viaje, es importante que una serie de generaciones de tripulantes se mantenga a cargo del programa. Hasta ahora no se habían hecho estudios de como afecta los cambios en el campo gravitacional sobre los pasos claves de la reproducción en mamíferos. La mayoría de estos estudios se hizo en peces, anfibios, aves y plantas observándose que si había un potencial efecto negativo sobre la reproducción.
ResearchBlogging.org
Siempre que se hacen estudios en mamíferos, los ratones de laboratorio son los favoritos para llevar a cabo estas pruebas. Pero, hacer este estudio en el espacio fue algo complicado ya que el estrés que sufrían los ratones al ser sometidos a una fuerza de gravedad tan fuerte -que llega hasta 10G al momento de despegue de los cohetes- los estresaba tanto que contrarestaba su capacidad reproductiva. Así que para poder llevar a cabo este estudio se utilizó un clinostato tridimensional, un aparato que mediante giros en las 3 dimensiones, anula los vectores gravitacionales, reduciendo la gravedad a casi 10-3 G.


Primero se observó que no había diferencias entre la tasa de fertilización -usando la fertilización in vitro- en microgravedad y en gravedad normal; pero si se observó que la capacidad móvil de los espermatozoides aumentó en el clinostato ya que aparecieron zigotos pronucleares polispérmicos con mayor frecuencia que bajo condiciones normales. Esto sería un poco riesgoso para una pareja de astronautas que quisiera tener un bebé en el espacio usando la fertilización in vitro, ya que la polispermia provoca la muerte prematura del embrión. Pero no se preocupen, el 84% de los embriones se fertilizaron normalmente.

Una vez que se determinó que no había un efecto negativo sobre la fertilización in vitro, se pasó a analizar el efecto de la microgravedad sobre el desarrollo embrionario in vivo. Para esto se tomaron a los óvulos fertilizados después de 24hr (estadío de dos células) y 96hr (estadío de blastocisto) y se implantaron en el oviducto de una rata hembra crecida bajo condiciones normales de gravedad. Bajo condiciones de microgravedad, sólo el 35% de los embriones implantados del estadío de dós células produjo descendencia, relativamente bajo comparado con el 65% obtenido en condiciones normales de gravedad. En cuanto a los embriones tomados en el estadío blastocisto, el porcentaje bajó al 16%, comparado con el 37% del control. El porcentaje de los controles también fueron muy bajos, ya que la fecundación in vitro siempre garantiza un alto porcentaje de descendencia obtenida, esto se debe a que fue alto el volumen de medio de cultivo usado en los frascos usados en el clinostato, y según estudios previos, esto ejercía un efecto negativo sobre el desarrollo embrionario, por eso, cuando se tomó los óvulos fertilizados después de 96hr se obtuvo sólo un 20% de óvulos es estadío blastocisto.

Si bien ela cantidad de masa celular interna de los blastocistos sometidos a microgravedad fue casi similar al obtenido bajo condiciones normales, con 8.0 y 8.7 células respectivamente; la gravedad si ejercía un efecto importante sobre la polaridad del blastocisto y sobre la diferenciación celular, especialmente del trofoectodermo.

En fin, para no aburrirlos con tanta biología, este estudio no ha demostrado casi nada, ya que primero se debe hacer un expermiento usando animales vivos, muchas veces hacerlo in vitro no predice lo que ocurrirá in vivo, por lo menos sabemos que la gravedad debe ser importante para que el óvulo fecundado se una al endometrio, porque sin gravedad, este también estaría flotando dentro del útero de la madre, no creen...?

Wakayama, S., Kawahara, Y., Li, C., Yamagata, K., Yuge, L., & Wakayama, T. (2009). Detrimental Effects of Microgravity on Mouse Preimplantation Development In Vitro PLoS ONE, 4 (8) DOI: 10.1371/journal.pone.0006753

26 agosto, 2009

Hola, soy psíquico

A cuantos se les hace muy difícil enamorar a una persona, espero que este pequeño truco les pueda ayudar...


Esto explica científicamente que no es necesario ser bonito para poder conquistar a alguien, basta con tener una buena idea y un poquito de suerte...

Vía XKCD.

25 agosto, 2009

"The great flu", el juego de la gripe

Para todos los amantes de los juegos de computadora -bueno, no todos, sólo biólogos, médicos y otros nerds más como nosotros-, he aquí uno inspirado en la temible pandemia de la gripe A H1N1. Este juego fue creado por el Centro Médico de Erasmus en Holanda y, según nos comenta el líder del área de virología de esta institución, este juego fue creado gracias a que la humanidad está tan al pendiente del avance y desarrollo de esta amenaza a la salud pública y reta a los jugadores a controlar una nueva pandemia viral.

La trama de este juego es de un virus que empieza a propagarse por todo el mundo, cada país trata contener su avance a través de diferentes medios y con un determinado presupuesto para hacerlo, por otro lado, las compañías farmacéuticas compiten en una carrera hacia la producción de la vacuna... suena bastante similar a la vida real. Para combatir la pandemia, cada jugador tendrá que usar diversos sistemas de vigilancia, acumular antivirales y vacunas, cerrar escuelas y aeropuertos; además, contará con un presupuesto limitado y deberá recordar que cada medida que tome tendrá un costo, y al final verá que tal vez no es suficiente el fondo con el que cuenta para alcanzar su objetivo.

El video juego se desarrolla en todo el mundo que está dividido en 12 regiones, cuenta con un indicador de infectados y muertes durante el transcurso de la epidemia, titulares en los periódicos acerca de la mortal enfermedad y las medidas que se vienen tomando y te pueden llegar mensajes de gobiernos que critican el modo en que vienes actuando o que tu respuesta no tiene efecto en su región.

El principal objetivo de este juego es que la gente vea por sí misma las dificultades y obstáculos que encuentran los responsables de la salud pública cuando emerge una pandemia y de esta manera, puedan entender lo difícil que es este trabajo. Además, gracias a este tipo de juegos se puede educar a las personas a través del entretenimiento, hasta los niños lo puedrían jugar y, sin querer queriendo, podrían lograr contener el avance de la pandemia más rápido que un doctor en epidemiología de Harvard.

Vía The Great Flu.

22 agosto, 2009

Endosimbiosis procariota

La teoría más importante acerca del origen de las células eucariotas es la que dice que son resultado de una endosimbiosis. En una simbiosis dos o más organismos de diferentes especies interactuan de tal manera que los dos se ven beneficiados; entonces, la endosimbiosis será lo mismo, pero uno dentro del otro. Así que, tanto la mitocondria como el cloroplasto pidrían tener un origen endosimbiótico, uno pudo haber sido un organismo primitivo con la capacidad de generar sus propios nutrientes usando la luz como fuente de energía, y el otro, un organismo primitivo capaz de generar grandes cantidades de energía a través de una cadena transportadora de electrones.

Los endosimbiontes han transformado dramáticamente la arquitectura y metabolismo de sus anfitriones, proporcionándoles nuevas moléculas señalizadoras, factores de transcripción (efectores y reguladores), genes, vías metabólicas y compartimientos celulares, que no hubieran sido posibles mediante los episodios de transferencia genética (conjugación, transformación y transducción) que es otra de las fuerzas evolutivas más importantes.

ResearchBlogging.orgPero, la endosimbiosis es una característica exclusiva del origen de las células eucariotas? Ciertos áfidos tienen células procariotas endosibiontes, específicamente la β-proteobacteria Buchnera, que a su vez posee otra célula procariota endosimbionte, una γ-proteobacteria, generando un endosimbionte dentro de otro endosimbionte. Pero, aún no se concoce una endosimbiosis procariota exclusiva, aunque el consorcio fototrófico Chlorochromatium aggregatum está cerca de serlo. Este consorcio cuenta con dos partes, una β-proteobacteria móvil y heterotrófica rodeada por unas 60 bacterias verde del azufre fotosintéticas. Ambos se benefician, la bacteria movil se encarga de trasladar a sus compañeros simbiontes a zonas ricas en azufre y luz, mientras que ellas le dan un habitat anaeróbico favorable. Se dice que este consorcio está cerca de ser una relación endosimbiótica porque comparten el mismo periplasma, pero no la misma membrana celular.

Actualmente se habla mucho acerca del árbol de la vida, pero la evolución eucariota y procariota estaría lejos de serlo. Si la teoría de la endosimbiosis fuera cierta, no cumpliría con un requisito fundamental de los árboles evolutivos, que a partir de un ancestro común divergieron una serie de especies, en este caso sería que a partir de dos o más especies convergieron para formar una, en este caso ya no hablaríamos del árbol de la vida, sino, del anillo de la vida.

Todos los procariotas están categorizados en 5 grandes grupos: las Arqueas (donde encontramos a los organismos más extremos de la tierra), los Bacilos y especies relacionadas (bajo contenido de GC), los Clostridios (también con un bajo contenido de GC incluyendo microorganismos fotosintéticos y fermentadores), las Actinobacterias (alto porcentaje de GC y sus morfología diversa, incluyen a muchos de los patógenos humanos) y las Bacterias de Doble Membrana (membrana externa y membrana interna) o Gram Negativas la cal está compuesta por aproximadamente 42 phyla, siendo el grupo más diverso y que comprende la mayor diversidad proteómica cuantificada mediante el número de familias de proteínas, con 4756, a diferencia de las 4000 familias de los otros procariotas juntos.

Lo que hizo el biólogo James Lake, de la Universidad de California Los Ángeles, fue analizar y comparar grupos de genes y familias de proteínas, mediante su presencia o ausencia, para recontruir el origen evolutivo de los organismos procariotas. Si alguno de los cinco grupos era resultado de una endosimbiosis se observará un flujo genético a partir de dos donadores hacia este grupo. Mediante análisis de presencia o ausencia de familias de proteínas de más de 3000 organismos procariotas diferentes, se escogieron 10 patrones informativos altamente parsimoniosos, con el cual se determinó que las bacterias Gram negativas pudieron haber tenido un origen endosimbionte ya que se observó un flujo genético del grupo de los Clostridios y las Actinobacterias hacia las Gram negativas.

Se encontró que dos caracteres presentaban una evolución lenta en las actinobacterias y los gram negativos. Esos correspondían a las enzimas envueltas en la biosíntesis de las pirimidina y la histidina (PyrD y HisA). Este análisis proporcionó datos estadísticamente significativos para determinar el primer componente de la endosimbiosis. Luego se analizó la maquinaria fotosintética, que son sistemas integrados altamente complejos que envuelven a una gran cantidad de genes y que es muy difícil de obtener usando sólo los mecanismos de transferencia genética. Los únicos grupos de procariotas con capacidad de hacer fotosíntesis son los clostridios y las gram negativas, así que los clostridios pudieron ser el segundo componente de esta endosimbiosis. Esto no resuelve las preguntas relacionadas con la evolución de los fotosistemas I y II, derrepente también pudieron ser el resultado de otros sucesos de endosimbiosis.

La simbiosis, incluyendo la endosimbiosis, no pasó en una sola generación, se desarrolló a través de largos periodos de tiempo donde compañeros simbiontes evolucionaron, se adpataron e intercambiaron material genético a través de los mecanismos de transferencia genética gracias a su proximidad física. Aún no se sabe cuánto tiempo tomó para desarrollarse la endosimbiosis, tanto de procariotas como de eucariotas, pero, fue la primera la responsable de la gan diversidad de organismos vivos que habitan sobre la tierra. Gracias a la endosimbiosis de las actinobacterias y clostridios se formaron las bacterias de doble membrana o gram negativas, entre ellas las cianobacterias, que son responsables de la producción del oxígeno en la atmósfera de la tierra.

En otras palabras, la endosimbiosis procariota hizo un profundo cambio en la evolución de la vida, no solo por el cambio de nuestra atmósfera, sino por la aparición de los organelos en las células eucariotas, que son la base de tanta diversidad biológica en nuestro planeta; cambiaron radicalmente el diseño estructural de las células, otorgando nuevos genes, vías metabólicas y funciones a la vida.

Referencia:

Lake, J. (2009). Evidence for an early prokaryotic endosymbiosis Nature, 460 (7258), 967-971 DOI: 10.1038/nature08183

20 agosto, 2009

REPU 2010

REPU (Research Experience for Peruvian Undergraduates)
Enero – Marzo 2010

PROGRAMA:

EL REPU está destinado a estudiantes peruanos de pre-grado que realizan estudios en biología, genética, biotecnología, bioquímica, biofísica y temas afines en instituciones nacionales y particulares de Perú. Los estudiantes deben tener un firme interés en seguir estudios de post-grado y desarrollar investigación en el área biomédica. El REPU permite que el estudiante realice investigación básica en diversos temas dentro de las áreas de biología y medicina. Cada estudiante elegido será automáticamente aceptado por un laboratorio en la institución participante.

OBJETIVOS DEL PROGRAMA:

- Adquirir intensa experiencia en investigación (aprox. 9-10 semanas);
- Asistir a charlas y presentaciones de trabajos publicados;
- Interactuar con la escuela de post-grado y vida universitaria;
- Recibir tutoría en aplicaciones a programas de post-grado y desarrollo de CV;
- Presentación oral y escrita de la investigación realizada (en EEUU y Perú).

FINANCIAMIENTO:

- El programa es gratuito.
- Se evaluará la posibilidad de que los estudiantes obtengan alojamiento gratuito.

INSTITUCIONES PARTICIPANTES:

- Yale University – New Haven, CT
- Hospital AC Camargo - São Paulo

ELEGIBILIDAD:

- Los estudiantes, preferiblemente, deben haber terminado su tercer año de estudios en una universidad peruana.
- Los interesados deben poseer buen manejo del idioma extranjero.
- Los interesados deben mandar su CV por correo electrónico a abel.alcazar@yale.edu; kenyi.saito@vanderbilt.edu; y mev_dv@yahoo.com
- Aplicaciones serán recibidas del 15/08/09 al 31/10/09. Respuestas serán enviadas el 9/11/09.

ORGANIZADORES:

Abel R. Alcázar-Román, Ph.D.
Department of Cell Biology
Yale University
New Haven, CT - USA
abel.alcazar@yale.edu

Ms. Mev Dominguez Valentín
PhD candidate of Cancer Genetics
Centro de Tratamento e Pesquisa
Hospital do Câncer A.C. Camargo
São Paulo-Brasil
mev_dv@yahoo.com

Vicente Kenyi Saito Díaz, B.Sc.
Interdisciplinary Grduate Program
Vanderbilt University
Nashville, TN - USA
kenyi.saito@vanderbilt.edu

18 agosto, 2009

Plantas asesinas

Cuando hablamos de plantas carnívoras, a muchos se nos viene a la mente el juego de Mario Bross, donde unas plantas rojas con grandes hocicos engullen al pobre enano barbón cuando salen de los tubos de desagüe. Cuando era muy chico, pensaba que las plantas carnívoras eran tan grandes que podían llegar a comer a un hombre y que tenían la capacidad de desplazarse de un lugar a otro; por no decir que podían caminar. Pero a medida que crecía descubrí que esto no era cierto. Si bien existían las plantas carnívoras, estas sólo devoraban pequeños insectos que caían en sus pegajosas trampas o mosquitos que eran engañados por sus putrefactos aromas.

Entre las plantas carnívoras más conocidas tenemos a las Droseras y la Venus atrapa moscas. La primera, atrapa a sus víctimas usando néctares pegajosos; mientras que la segunda parece una trampa en diente con un sofisticado sistema de cierre automático. Hasta ahora no había visto antes una planta carnívora que comiera carne de verdad. Esta planta carnívora gigante, descubierta en el centro de Filipinas, es capaz de engullir a un pequeño roedor.

Nepenthes truncata, es el nombre científico de esta asesina de roedores.

Actualmente, estas plantas han sido de gran utilidad para los ecólogos, quienes han descubierto que dentro de ellas existe un ecosistema completo, con su propia cadena trófica y relaciones inter e intraespecíficas. En sus hojas tubulares se almacena agua donde existen una serie de bacterias, plancton y algunos invertebrados que se relacionan entre sí de manera simbiótica, beneficiándose unos a otros. Las bacterias degradan los desechos de los infortunados insectos que cayeron en la trampa, sus desechos son asimilados y metabolizados por el plancton que sirve de alimento para algunos invertebrados (nemátodos, protozoarios, etc), que sirven como carnada para insectos más grandes que caen en esta pequeña piscina orgánica y ya no pueden salir, luego la planta libera algunas enzimas para digerir y asimilar los nutrientes producidos para poder sobrevivir, ya que los suelos donde viven, generalmente, son muy pobres en nutrientes. En otras palabras, los ecólogos pueden modelar el mundo en un pequeño vaso de vidrio.

Estas plantas también pueden ser usadas como modelos para estudiar la dinámica de los ecosistemas. También las plantas carnívoras han servido para monitorear el estado de las ciénagas y bosques en diferentes parques naturales como el de Cape Breton Highlands, en Canadá. Estas plantas lo que hacen es colectar el agua que cae con las lluvias en sus hojas en forma de tubos y luego alimentarse de insectos para poder sobrevivir a suelos extremadamente pobres. Estas características las hacen muy sensibles a la contaminación atmosférica y cambio climático.

Si te gustan estas fantásticas plantas aquí hay una galería de imágenes.

Mariposa

Espectacular foto de una mariposa con alas transparentes.

17 agosto, 2009

Lenguas artificiales

Cada día que pasa, son más las máquinas que reemplazan al hombre en sus puestos de trabajo, en otras palabras, el avance de la ciencia ejerce un efecto directamente proporcional a la tasa de desempleo,... que irónico cierto? Ahora la lengua humana ya encontró su reemplazo artificial.

Científicos de la Universidad de Illinois han desarrollado un dispositivo que permite diferenciar entre distintos sabores dulces y que con sólo el tamaño de una tarjeta de crédito puede llegar a ser más sensible que la lengua humana. Este aparatito lo que hace es detectar los cambios de pH de una sustancia dulce cuando es mezclada con derivados químicos del ácido bórico. Luego, traduce estos cambios químicos en efectos visuales que permiten diferenciar entre un compuesto y otro en base al color que expresan en los dispositivos.

Este dispositivo puede identificar hasta 14 tipos diferentes de edulcorantes, tanto naturales como artificiales, con un 100% de precisión. Estos chips ayudarían mucho en las industrias alimentarias, de gaseosas y otras relacionadas con edulcorantes, ya que no necesitarían de una persona que esté con su cucharita probando y escupiendo a cada rato todos los lotes de saborizantes, bastará con una lengua artificial, embebida por una gota de la muestra para determinar su dulzor. Imagínense crear un dispositivo que permita diferenciar entre vinos, los catadores y somelieres se quedarían sin chamba.

Aunque por más que estos chips permitan diferenciar e indentificar entre miles de sabores diferentes con mucha precisión, no podrán hacer algo que nuestro cerebro es el único que lo puede hacer... determinar que es rico y que es feo.

Vía WiredScience.

12 agosto, 2009

Base de datos de la gripe envuelta en un conflicto legal

Cuando será el día en que toda la información científica sea de acceso abierto para cualquier persona en el mundo?... el día en que los dueños de dicha información sea la humanidad y no unas cuantas compañías?... cuando los intereses políticos y económicos no afecten la divulgación científica?...

A que viene todo este lamento?... les cuento:

EpiFlu es una base de datos internacional que fue creada con el fin de monitorear la expansión y evolución de los virus de la gripe. Con la nueva pandemia de gripe A H1N1, esta base de datos se ha convertido en una herramienta fundamental para el análisis de las secuencias genéticas de este nuevo virus, el cual ayudará a predecir sus mutaciones y desarrollar nuevas vacunas que nos protejan, al menos por un año. Ahora, EpiFlu se encuentra en una disputa legal entre GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data), un grupo internacional de investigadores en gripe que comparten los datos de sus investigaciones con otros científicos en el mundo; y el SIB (Instituto Bioinformático de Suiza) que fueron contratados por GISAID para crear esta base de datos. Toda la inversión vino por parte de la CDC (US Centers for Disease Control and Prevention) y el Gobierno Suizo.

Lo que hizo el SIB fue restringir el acceso a EpiFlu a los miembros de GISAID, osea, a cientos de investigadores en el mundo que lo único que buscan es conocer más a fondo este virus para tratar contrarestar su efecto sobre la salud pública. Sólo podían hacer uso de la base de datos a través del SIB. Al otro día de ocurrido este hecho, GISAID mandó un correo a sus miembros informando su malestar por lo ocurrido y que el SIB no tenía ningún derecho a manejar EpiFlu por su propia cuenta. El SIB dijo que lo hizo porque GISAID no pagó las facturas a tiempo. Para lo que GISAID respondió que tuvo problemas con su financiamiento, pero que hicieron todo lo posible para obtener fondos adicionales para poder pagar las cuentas.

En resumen, el SIB se apoderó de EpiFlu porque GISAID no le pagó por la construcción de la base de datos y que según las leyes suizas ellos pasan, automáticamente, a ser los administradores de EpiFlu hasta que se solucione el problema.

Si bien los científicos pueden acceder a la base de datos, existe cierta incertidumbre acerca del futuro de EpiFlu, y por esta razón, científicos de Indonesia no están compartiendo sus secuencias genéticas y demás datos porque tienen miedo de que otros científicos no lo hagan, o la misma SIB los restrinja a hacerlo.

Este problema sería algo común si pasara en los países en vías de desarrollo, pero que ocurra en países sumamente desarrollados y ricos como Suiza o USA, me parece indignante. Como se pueden pelear por administrar algo que debe estar disponible para cualquier investigador en el mundo?, acaso Suiza por ser el país con mejor calidad de vida está libre de sufrir algún tipo de infección? Es más, cuanto más desarrollado está un país es más facil que un simple virus o bacteria lo llegue a matar. Esto debido a que su organismo no ha recibido germen alguno que le ha provocado algún tipo de reacción inmunológica, que lo deje protegido contra futuras infecciones, ya que su nivel de higiene y salubridad es tan alto que todo esta limpio y desinfectado..., no es como aquí, que tomamos agua cruda, comemos un cebiche en la parada, unas mollejitas en Independencia, una chicha morada en el Puente Alipio y un pan con palta en el emolientero del Ovalo Santa Anita y no nos pasa nada.

Otra cosa más, nadie es dueño de la información científica, las personas tienen derecho a estar informados de lo que pasa en el mundo, de los últimos descubrimientos científicos, etc. La mayor parte de las investigaciones se realizan gracias al financiamiento de países ricos como EEUU, Francia, Gran Bretaña, Japón, entre otros, cuyos gobiernos separan un buen porcentaje de su PBI para el desarrollo de la ciencia y tecnología. Este dinero que se da a las universidades y centros de investigación en el mundo, es dinero de cada una de las personas que el gobierno recauda a través de los impuestos. Es como decir que se ha hecho un chancha entre millones de personas para financiar una investigación. Pero, si esta investigación, finalmente, es publicada en una revista científica que te cobra $30 para poder descargar cada uno de los artículos, es una gran injusticia.

Esto es precisamente lo que hace Nature, Science, Lancet, ScienceDirect, etc. Las revistas científicas reciben cientos de artículos financiados gracias al dinero de nuestros impuestos; luego estos artículos son repartidos a reconocidos científicos y especialistas en el tema para que critiquen, corrijan, se rían, reproduzcan los resultados y, finalmente, den sus comentarios acerca de la investigación..., claro que está por demás mencionar que todo esto lo hacen por nada. Una vez que la revista científica recibe los artículos corregidos, los publica (OJO: sólo el 10% de los artículos que pasaron el Peer Review son publicados, tal como lo vimos en Nature Vs Science, los otros los devuelve para que los publiquen en PNAS o PLoS). Una vez publicados, vende cada revista a $10 o cada atículo en formato digital a $30, a menos que tengas una suscripción que cuesta unos $120 anuales (si eres estudiante). Es el negocio perfecto, ganas dinero publicando el trabajo de otros.

En el otro lado tenemos a las grandes compañías farmacéuticas que a partir de estos artículos científicos sacan novedosos productos que son vendidos en todo el mundo. Ejemplo: por ahí un investigador peruano estudia una planta que recolectó de su excursión a la selva y gracias a su estudio etnobotánico observa que esta planta es usada por los nativos como tratamiento para la malaria. Muy emocionado, le hace un estudio fitoquímico profundo, redacta sus resultados obtenidos y manda su artículo a Nature, paga unos $50 para que lo revisen pero se lo rechazan porque no lo redactó en inglés, así que lo manda a traducir a su otro amigo biólogo que terminó su inglés en CICEX (en sólo un mes, hablas inglés), y claro, lo pone como co-autor (solo por traducir) y manda su artículo al Journal of Botany y es aceptado, claro que su factor de impacto sólo es de 3.tantos, y por ahí un trabajador de la Bayer lo lee, va al Perú, se trae la planta, aisla el compuesto que el peruano no lo pudo hacer por falta de equipos y presupuesto, y vende la vacuna contra la malaria, haciéndose supermillonario de la noche a la mañana. Otro negocio perfecto.

Si todos tuviéramos acceso libre a la información científica, podríamos leer más artículos referente a temas que sean de nuestro interés, de esta manera, podríamos generar una posición crítica sobre temas en los cuales somos pasivos y sólo nos limitamos a aceptar lo que nos dicen los "mas desarrollados" o copiar las cosas que en otros países funcionan bien, pero que no sabemos si funcionarán de la misma manera aquí.

10 agosto, 2009

Por favor, no hagan esto en su clase de biología general

Yo creía que con los videos que hicimos para las Bioladas ya habíamos hecho un ridículo que no podría ser superado por ningún estudiante de biología en el mundo... salir vestidos de los Magníficos, o cantando una canción de Floricienta, o haciendo un infomercial barato que usa canciones de Alborada como música de fondo; por no mencionar los videos que no han sido publicados (por ahora)... Hasta que llegó a mis manos este video:


...Presiento que esta noche no podré dormir... la canción sigue retumbando en mi cabeza (8) ayyy ya yai la mitosiiiss (8), y ni hablar de la cara de la de rosado que no había estudiado y estaba más perdida que α-cetoglutarato en el ciclo del glioxilato

Esto facilmente podría entrar para "El otro show" de la Biolada. Me dio mucha gracia y a la vez mucha pena esta chiquitas, que por capricho de su profesor (el famoso Profesor Tomás, del Instituto Pedagógico "Luís Beltrán Prieto Figueroa" Barquisimeto), quien de seguro les hará hacer estos videos por un 10% de la nota final de su curso, o para sustituir alguna práctica calificada, y a quien no le basta que sólo sean sus compañeros de aula de las chiquitas los que se burlen, sino otras 145391 personas que ya han visto este video en Youtube (145391 hasta el momento que yo lo ví), quienes han dejado más de 400 comentarios, la mayoría burlones.

Así que por favor no hagan esto en clase, y si lo hacen, no permitan ser grabados ya que quedarán marcados para toda la vida... No eras tu el que sale en ese video de los magníficos?

Oh no¡¡¡ Hay más videos...

09 agosto, 2009

Blogs: Barómetros de felicidad

Con la era de la Web 2.0 que vivimos, los blogs y demás redes sociales se han convertido en herramientas tan comunes que son millones de personas en el mundo las que lo utilizan. Las personas se han acostumbrado a expresar sus sentimientos a través de estos medios. Es muy común ver en la cuenta de Facebook o Hi5 de un amigo "me siento feliz", "me siento estresado", "me siento avergonzado porque no recuerdo que hice anoche", o en un blog "me siento indignado con lo ocurrido en Bagua". Así que dos investigadores de la Universidad de Vermont, Peter Dodds y Christopher Danforth, ambos especializados en matemática aplicada, determinaron que la felicidad de las personas se ha incrementado en los últimos años.

Estos investigadores analizaron más de 2.4 millones de blogs (todos en inglés) vía www.wefeelfine.org buscando frases que contengan las palabras I feel (Me siento) obteniendo más de 1034 frases que expresaban algún tipo de emoción. Todas estas frases luego fueron categorizadas en un ranking establecido por un estudio psicológico en 1999 que va desde 1 (miserable) hasta 9 (extático). A partir de las frecuencias y escores obtenidos por cada frases hallaron el "factor de felicidad"para cada día y mes de cada año.

Los investigadores observaron que la felicidad iba en aumento en los últimos 4 años y reportaron que días fueron los más felices y tristes de la blogósfera. Estos resultados fueron publicados en el Journal of Happiness Studies. En navidad y San Valentín los picos aumentaban considerablemente, siendo el día más feliz desde el 2005 fue el 4 de Noviembre del 2008, el día que Obama fue elegido presidente de los Estados Unidos. Por otro lado, los picos caen los 11 de Setiembre de cada año, siendo la muerte de Michael Jackson los 3 días más tristes de los últimos años.

Sería interesante hacer un estudio similar en nuestros blogs y redes sociales, para ver si nuestra felicidad va en aumento o no. Sería también muy interesante saber cual fue el día más feliz y el más triste en nuestro país. A diferencia de EEUU que los picos aumentan en Navidad, aquí bajan por todos los gastos que tenemos, también los picos caerán los días que juega la selección y los días que hay paro de transportistas. Los picos aumentarán los feriados largos, los fin de ciclo , y siendo el día más feliz, de seguro, cuando "la señito" llamó a "la urraca".

Para ustedes, cuales fueron los días más tristes y felices de los últimos 5 años?

08 agosto, 2009

Mapeando la forma del genoma del VIH

Cuando hablamos de mapeo genético, generalmente nos referimos a la posición de los genes dentro del genoma, y esto lo hacemos generalmente usando técnicas de secuenciamiento genético. Pero debemos distinguir que no sólo podemos secuenciar el ADN, también podemos secuenciar el ARN y hasta las proteínas. Primero empezamos con la genómica, que consistía en todo referente a los genes, donde se ubican, cual es su secuencia, como se expresan, como evolucionan, etc... luego vimos que eso no era suficiente para explicar como estos genes eran expresados, así que en ese momento nació la transcriptómica, que se enfocaba en el ARN, osea, en todos aquellos genes que eran transcritos a ARNm, en otras palabras, los genes que supuestamente estaban siendo expresados. También estudiaba las interacciones genéticas, los exones e intrones (regiones no codificantes) y la regulación de la expresión genética a nivel pos-transcripcional. Luego vino la proteómica, donde se analizaban todas las proteínas de un organismo. Se obvservó que a pesar que muchos genes eran transcritos a ARNm, algunos no llegaban a traducirse hasta proteínas, así que la proteómica también estudiaba eso, la regulación de la expresión genética a nivel pos-traduccional, la interacción entre proteínas, su estructura tridimensional, sus funciones, etc... pero aun quedaba un vacío... habían ciertos genes que tenían otro tipo de regulación de su expresión, que no tenía que ver con el ADN ni con factores de transcripción, sino con ciertas modificaciones que se daban en su estructura (metilaciones, acetilaciones, etc.) que también ejercían un efecto sobre la expresión genética, fue así que nació la epigenómica. Pero, todo esto no era suficiente para explicar el funcionamiento de los organismos, así que nacieron la metabolómica que estudia a todas las moléculas (desde la glucosa hasta las proteínas), intermediarios metabólicos y productos finales de las vías metabólicas, la flujómica, la glicómica, y muchas ómicas más. Pero se olvidaron de algo al estudiar la expresión de los genes.

Las cadenas de ADN o ARN no son como nos los pintan en los libros, lineares como cables de luz o circulares como anillos. Las hebras de ADN y ARN son estructuras extremadamente complejas. Si bien dentro de los nucleosomas y cromosomas se encuentran altamente empaquetados y comprimidos, si le damos un espacio para que puedan "estirarse" verán que estas cadenas de nucleótidos adquieren una arquitectura tridimensional, formando remolinos y horquillas. Estas estructuras complejas también ejercen un control sobre la expresión genética, ya que pueden exponer u ocultar secuencias genéticas, facilitando o dificultando el acceso de las ARN polimerasas a estos lugares.


Así que investigadores de la Universidad de Carolina del Norte están tratando de elaborar el mapa tridimensional de la forma del genoma del VIH. Recordemos que el Virus de Inmunodeficiencia Humana es el causante del SIDA, este virus tiene un genoma compuesto por ARN de una sola hebra, a diferencia de otros genomas que están compuestos por ADN de cadena doble. Con la ayuda de moléculas que se pegan al ARN del virus, están tratando de trazar la forma y arreglo de su genoma. La técnica es como poner foquitos a lo largo de una carretera, al encender los foquitos en la noche, podremos ver la forma de la carretera, como las luces de un árbol de navidad.

Ha sido muy difícil trabajar con el genoma del VIH, por esta razón, sólo la quinta parte de sus genes se han podido ubicar espacialmente dentro del genoma. Si no se conoce la forma y estrucutra de su genoma, es muy difícil que las máquinas puedan hacer una descripción detallada de cada uno de sus genes.

Aunque aún no se yha terminado de hacer este mapa, hasta lo que se tiene avanzado se ha podido observar que la arquitectura de ciertos puntos clave del genoma del VIH que coordinan entre sí para la expresión de ciertos genes, los científicos están buscando aquellos puntos que son claves para el ensamblaje de las nuevas partículas virales y poder elaborar nuevos antivirales que ayuden a contrarestar la infección.

06 agosto, 2009

Voten por BioUnalm: BlogStar

Nuvamente empezamos la carrera hacia los 20 mejores blogs del Perú, el año pasado logramos ganarla en la categoría Ciencias, esta vez la competencia será más difícil ya que se integró a nuestro rubro la categoría tecnología, la cual tiene muy buenos blogs... pero no importa, nos gustan los retos, así que a votar se ha dicho.

Si les pareció interesante nuestro blog, voten en el botón amarillo de la parte derecha, en la categoría Tecnología y Ciencia... en Blogstar, ya que por las bases del concurso ya no podemos ser nominados en una categoría que ya hemos ganado el año pasado, así que ahora la competencia es mucho más difícil....

04 agosto, 2009

Oh no¡¡¡

No sé por qué me sentí aludido con esta caricatura...

Vía XKCD.

Entrevista: Blga. Claudia Caro

Siguiendo con las actividades que realiza la agrupación BioUnalm, entre ellas las entrevistas a los profesores de la UNALM, esta vez le tocó a la Bióloga Licenciada Claudia Cecilia Caro Vera quien fue nombrada como Bióloga del Mes y nos recibió gratamente en uno de los laboratorios donde hace algún tiempo ella era una alumna mas, ya que es egresada de la Universidad Nacional Agraria La Molina.

En la entrevista ella nos cuenta el porqué decidió estudiar biología, así como el compromiso que eso implica no solo en el ámbito profesional sino en el campo personal, ya que los estudios universitarios no bastaron para desarrollarse como profesional pues el ser Biólogo es ser un científico y la búsqueda del conocimiento nunca terminará mientras se siga ejerciendo la carrera.



02 agosto, 2009

Las plantas se resisten al "barcoding"

... Imagínense un día tener un aparatito, que con sólo poner una pequeña muestra de sangre de un animal o una pequeña hojita de una planta, nos pueda identificar que especie es, y no sólo eso, decirnos además a que género y familia pertenece, en que zonas las podemos encontrar, cual es su ciclo de vida, y toda la información necesaria para conocer más a fondo a esa especie... Este aparatito tiene el nombre de Gene Barcoder (un lector de códigos de barras genético), el cual usa regiones conservadas del ADN de un organismo para poder identificarlo.

Este pequeño relato no está muy lejos de la realidad. El Consorcio para el Código de Barras de la Vida (CBOL) es una iniciativa internacional que busca codificar cada una de las especies del planeta usando pequeñas secuencias conservadas de ADN (DNA bar code); de esta manera, realizar estudios sistemáticos, filogenéticos y de conservación.

En los animales, esta iniciativa tiene un rápido avance gracias a una pequeña región mitocondrial altamente conservada, la subunidad 1 de la citrocomo oxidasa c (COI); sin embargo, los científicos están sufriendo mucho por encontrar su análogo en las plantas. Hasta el momento se tienen tres genes candidatos, todos ellos pertenecientes al ADN del cloroplasto: matK, rbcL y trnH-psbA.

matK y rbcL fueron los dos primeros candidatos para el barcoding vegetal, pero se encuentran lejos de ser perfectos para esta tarea. Por esta razón se añadió un tercer gen, el trnH-psbA. De estos tres candidatos, finalmente se escongerán a los dos mejores.

La principal característica que deben tener estos genes para ser usados como un barcode es que puedan ser leídos rápidamente y sin problemas por los secuenciadores automáticos. El gen rbcL genera una buena calidad de secuencias, y sus primers y demás reagentes usados en el secuenciamiento funcionan, perfectamente en una gran variedad de plantas; además, su capacidad para discriminar especies es de más del 61%. Por otro lado, el gen trnH-psbA, genera una baja calidad de secuencias, debido a la presencia de largas repeticiones de mononucleótidos, que generan errores de lectura en los secuenciadores genéticos. Su tasa de discriminación es superior al 69%. El gen matK también genera una buena calidad de secuencias, pero no tiene primers que puedan ser reconocidos por todos los grupos de plantas. Los primers trabajan muy bien en las plantas angiospermas, con un 90% de efectividad, pero es menos eficiente en las gimnospermas con un 83% de efectividad y es extremadamente ineficiente en las criptógamas con sólo 10% de eficiencia. Para poder superar estos obstáculos, los científicos están buscando genes suplementarios como las regiones ITS del ADN ribosomal.

01 agosto, 2009

El desarrollo del imperio Inca fue gracias al calentamiento global?

ResearchBlogging.orgDesde el colegio nos han enseñado que la rápida expansión del Imperio Inca se dio gracias a la adopción de nuevas estrategias sociales y políticas; y su auge durante la primera mitad del milenio pasado se da como resultado de la fuerza laboral y militar que tenían los Incas. No se mucho de historia pero se que gracias a su gran poder militar pudieron someter a muchas civilizaciones como los Chancas y otras más y su dominio territorial abarcó desde Ecuador y Colombia por el norte; hasta Chile por el Sur. Pero, todo esto no hubiera sido posible sin el aumento en la productividad de sus cultivos.

Chepstow-Lusty et al. presentaron un estudio paleoclimático de alta resolución de los últimos 1200 años, usando sedimentos de la laguna de Marcacocha a 12Km de Ollantaytambo, en el corazón del Imperio Inca. A los sedimentos extraídos de Marcacocha se le hizo análisis de concentración de δ13C, tasa de C/N, concentración de macrofósiles de plantas, macrocarbones y polen de Myriophyllum. La secuencia cronológica de los sedimentos fue determinada usando 210Pb y radiocarbono. El análisis del polen permitió determinar el nivel del lago en respuesta a los cambios en la precipitación regional. Los macrofósiles de plantas fueron muy útiles para determinar las condiciones ambientales de la época, por ejemplo: las oogonias de carófitos son generalmente consideradas como indicadores acuáticos, que están presentes en aguas claras y pobres de nutrientes; en cambio, las semillas de Juncáceas son indicadores de suelos de mala calidad. Los macrocarbones son indicadores de frecuencia de incendios y de actividad antropogénica. Las tasas de C/N son útiles para determinar la cantidad y la fuente de materia orgánica que entra al lago. Si la materia orgánica proviene del fitoplancton (algas C3), el valor de la tasa de C/N será entre 4 y 10, en cambio, si la materia orgánica proviene tanto de plantas terrestres (C3 y C4) como acuáticas, el valor de la tasa de C/N será superior a 20.

Estos sedimentos revelaron una temporada de aridez y sequías por el año 880 d.C, la cual pudo ser la responsable del decaimiento del Imperio Wari y la cultura Tiahuanaco. Sin estas dos grandes civilizaciones dominando el territorio peruano, el desarrollo de nuevas culturas se hizo posible. Después de esta temporada árida vino una temporada cálida a partir del 1100 d.C. El incremento de las temperaturas dio al Inca y a sus predecesores inmediatos la oportunidad de explotar las tierras más altas de la cordillera de los Andes, mediante la construcción de terrazas agrícolas, andenes, sistemas de irrigación basados en la agua del deshielo de los glaciares en combinación con las técnicas de agroforestería.

La tecnología agrícola usada por los Incas fue una de las más avanzadas en la historia de la humanidad, pero, lamentablemente, sus estrategias de cultivo no han sobrevivido al paso del tiempo y esta forma de agricultura sostenible y eficiente se ha perdido para siempre.

A. J. Chepstow-Lusty, M. R. Frogley, B. S. Bauer, M. J. Leng, K. P. Boessenkool, C. Carcaillet, A. A. Ali, and A. Gioda (2009). Putting the rise of the Inca Empire within a climatic and land management context Climate of the past, 5 (3), 375-388

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